Через 33 года после кончины святителя во время ремонта Тихвинской церкви было обнаружено, что тело его, одеяние и даже бархат на гробе не тронуло тление, хотя само место погребения было сырым и затхлым.

Спустя 17 лет после многочисленных заявлений частных лиц, переживших молитвенное заступничество святителя Иннокентия после молитвы у честных его останков, было еще одно удостоверение, что мощи святителя находятся под особым покровом Божиим.

11 июня 1783 года при сильном ветре загорелась Вознесенская обитель. Весь Иркутск от мала до велика прибежал на пожар, но погасить его не представлялось возможным. Пламя охватило все каменные строения обители и, конечно, деревянную Тихвинскую церковь, под которой почивали мощи святителя. Надежды на спасение нетленных мощей угодника Божия не оставалось никаких.
Тогда горожане обратились к прибывшему на пожар преемнику владыки , с просьбой попытаться достать мощи из огня. «Ежели покойный Иннокентий угодил Богу, — ответил тот, — то ради его нетленных мощей Всемогущий Господь спасет и церковь». В ту же минуту огонь потерял силу над осененной благодатью церковью. Милостью Божией она простояла до начала XX века среди каменных, вновь отстроенных стен и зданий монастыря, в непререкаемое свидетельство свершившегося над ней чуда.

Чудеса от мощей святителя множились. Вера в его заступничество перед Господом передавалась из рода в род. Многие служили панихиды у него на могиле и получали просимое! Слава о новом заступнике множилась среди православных.

Здесь мощи почивали пятьдесят пять лет, до времени, пока не потребовалось разбирать Вознесенскую церковь из-за ветхости. Двенадцать лет пролежали они в Успенском храме Вознесенского монастыря и 15 октября 1872 года были возвращены под своды вновь отстроенного на старом месте благолепного храма Вознесения Господня.