Третий этап в историографии инициаторов посольства Кобякова начинается с конца 1990-х гг. и также продолжается до настоящего времени. Новый подход связан с именем, пожалуй, крупнейшего казахстанского исследователя истории Казахстана нового времени Ирины Викторовны Ерофеевой. В свое время заметным явлением в казахстанской историографии стала ее работа «Хан Абулхаир: полководец, правитель, политик» выдержавшей несколько изданий в конце 1990-х - 2000-е гг. Ценность книги, кроме прочего, заключается и в том, что в ней фактически впервые отдельное внимание было уделено как раз посольству Койбагара Кобякова. И. В. Ерофеева, фактически, первая кто обратила внимание на проблему инициатора посольства Кобякова.
И. В. Ерофеева, изучив документы посольства (в 2005 г. был опубликован составленный ею сборник документов содержащий, в том числе и материалы, относящиеся к миссии Кобякова ) пришла к довольно категоричному выводу о полном отсутствии оснований отнести хана Абулхаира к инициаторам посольства. Она писала: «советский историк Н.Г. Аполлова, а вслед за ней и некоторые другие авторы по непонятным причинам отнесли инициативу в организации данного посольства к хану Абулхаиру, хотя содержание всех известных исторических документов 20–30-х годов, прямо или косвенно касающихся поездки К. Кобякова к российскому престолу, не дает абсолютно никаких оснований для подобных утверждений» .
Ерофеева И.В. Хан Абулхаир: полководец, правитель, политик. Алматы: Дайк-Пресс, 2007. С. 178.
В отличие от практически всех современных исследователей она в соответствии с традицией ранней историографии XIX – первой половины XX вв. отрицает участие Абулхаира в данной миссии и связывает ее только со старшинами Младшего жуза.
Данный подход и суждения после первой публикации книги об Абулхаир-хане в 1999 г. сохранился и в последующих изданиях, а также получил поддержку в трудах других авторов (Noda Jin, Р. Д. Темиргалиев, Д. В. Васильев), и в том числе попал в академическое издание «Истории Казахстана» автором соответствующей главы, которого стала И. В. Ерофеева .
Таким образом на сегодняшний день в историографии одновременно сосуществует два подхода. Первый – сформированный в 1940-е гг., согласно которому инициатором посольства Кобякова выступает хан Абулхаир самостоятельно, либо совместно с некоторыми старшинами Младшего жуза. Второй – был заложен еще в XIX столетии А. И. Левшиным, затем прервавшийся в 1940-е гг. и возрожденный в конце 1990-х И. В. Ерофеевой. Согласно последнему – инициаторами казахского посольства в 1725–1726 гг. в Санкт-Петербург, являются исключительно старшины Младшего жуза, а хан Абулхаир не имеет к нему никакого отношения.
