Prevost, Provinciale della provincia agostiniana di Chicago, autorizzò il trasferimento di padre James Ray, accusato e sospeso per abusi sessuali su minori, in un convento vicino a una scuola elementare senza avvisare l’amministrazione scolastica. Prevost avrebbe ignorato denunce attendibili e i rischi per i bambini.

Durante il mandato di Prevost come Superiore Generale degli Agostiniani (2001-2013), padre Richard McGrath fu coinvolto in un caso di abusi sessuali che portò a un risarcimento di 2 milioni di dollari e alla successiva morte di una vittima. SNAP accusa Prevost di non aver agito con rigore dato che il nome di McGrath è stato escluso dalla lista degli abusatori sessuali.

Il programma di giornalismo d'inchiesta "Cuarto Poder", dell'emittente peruviana América Televisión, in un servizio dell'8 settembre 2024 aveva documentato le accuse a Robert F. Prevost per aver coperto casi di abusi sessuali. Tre sorelle denunciarono abusi subiti quando erano minorenni da parte di due sacerdoti: Eleuterio Vásquez González ("Padre Lute") e Ricardo Yesquén. Le vittime hanno affermato che Prevost, vescovo di Chiclayo al momento della loro denuncia, non avviò indagini canoniche, non le ascoltò e non offrì supporto psicologico.
I sacerdoti furono trasferiti ma senza restrizioni pubbliche, padre Lute continuò a celebrare messa. La diocesi inviò il caso al Dicastero per la Dottrina della Fede, che lo archiviò per prescrizione civile. Le vittime sostengono che l’indagine ecclesiastica non fu mai condotta.
Nonostante le accuse, Prevost è stato nominato prefetto del Dicastero per i Vescovi nel 2023, ruolo che includeva la supervisione delle indagini su abusi e insabbiamenti.
Il suo successore a Chiclayo, amico e confratello agostiniano, avrebbe ostacolato l’accesso ai documenti e sospeso l’avvocato delle vittime.