Во время гражданской войны Петропавловская крепость была одним из мест, где большевики расстреливали осужденных: белогвардейцев, контрреволюционеров, классовых врагов и любого, кто мог быть задержан «по ошибке». Братские могилы жертв красного террора, которых хоронили здесь же, на Заячьем острове, не трогали восемьдесят лет — и только сравнительно недавно за раскопки на территории крепости взялись археологи.
На территории Петропавловской крепости, недалеко от Зотова бастиона, в небольшом помещении уже несколько лет работают археологи. В темном узком коридоре свалены лопаты, на столах разложены газеты и инструменты, а по периметру комнат стоят стеллажи с рядами картонных коробок. На некоторых слоган производителя — «Все сложилось!», рядом с ним маркером подписан номер братской могилы, внутри темнеют почти век пролежавшие в земле кости, которые теперь хранятся в ожидании изучения. Под руководством археолога, научного сотрудника Института истории материальной культуры РАН Владимира Кильдюшевского, здесь ведутся раскопки захоронений жертв красного террора, расстрелянных в 1918–1919 годах. — Люди были навалены друг на друга в семь ярусов. Их просто скидывали как попало, могилы выкапывались сравнительно неглубоко — 1,2–1,3 метра. Естественно, когда в черепе две или три дырки от пуль или если голова пробита прикладом или штыком, явно, что это не люди, которые умерли своей смертью. По большей части это молодые, от 20 до 45 лет, — Владимир Кильдюшевский через окно небольшого кабинета показывает на берег Кронверкского пролива, — там, вдоль Головкина бастиона, и были найдены основные захоронения. На сегодняшний день удалось раскопать одиннадцать братских могил, всего — около 150 человек.
Красный террор был объявлен 5 сентября 1918 года Постановлением Совета народных комиссаров РСФСР. По официальным данным ЧК, в Петрограде в это время было расстреляно около 800 человек, по подсчетам историков — порядка 1200. Одним из мест в Петрограде, где расстреливали осужденных, была тюрьма Петропавловской крепости, которая находилась в Трубецком бастионе с 1872 года. В январе 1919 года в крепости казнили четырех великих князей дома Романовых: Георгия Михайловича, Дмитрия Константиновича, Николая Михайловича и Павла Александровича, однако точное место их захоронения неизвестно. Тюрьма прекратила свое существование в начале 1920-х годов. Раскопки берега Петропавловской крепости начались в 2010 году. Тогда историки впервые всерьез взялись за исследование расстрелов на Заячьем острове. Три года назад власти находкой не очень заинтересовались: археологам в финансировании отказали, и до 2012 года раскопки проводились за счет Государственного музея истории Петербурга. Как рассказывают археологи, основная работа в 2010 году была проделана фактически бесплатно, исследованиями занимались несколько человек, которые сами копали и расчищали могильники, сортировали кости, изучали остатки одежды. Так как порой рук просто не хватало, звали волонтеров, которые бы помогли если не провести экспертизу, то хотя бы проделать часть механической работы. — Летом 2010 года нам надо было очень быстро все сделать, хотя бы просто расчистить. Тогда было невыносимо жарко, а в ямах высокая влажность, и когда мы переносили костяки из этой влажной среды в холодное помещение, у нас все мгновенно начинало гнить и цвести, — вспоминает научный сотрудник Музея истории Петербурга Наталья Петрова. — Прошло бы еще недели две — и мы бы все потеряли. Поэтому мы кинули клич о помощи. Люди приходили после работы, расчищали костяки. О деньгах даже речи не было, потому что у нас не было такой возможности, — все приходили по велению души. И, слава богу, сейчас мы можем хотя бы сохранить останки.
О том, что у стен Петропавловки захоронены человеческие останки, было известно и раньше. До 50-х годов Петропавловская крепость принадлежала военному ведомству и монетному двору, а территория вдоль Головкина бастиона, обращенная к Кронверкскому проливу, была застроена сараями, техническими помещениями и другими постройками, возникшими в советскую эпоху.
