Кайра бөлүшүлгөн:Новые стансы к Марти́ну Алексеевичу
НС
08.02.202519:37
Кто видел, как я читаю курс по цифровой обработке сигналов, знает, что этот текст я обязательно зачитываю с выражением охуевающим студентам, они от этого обычно просыпаются как раз
07.02.202503:51
Наткнулся на описание кита для трансфекции клеток на основе полиэтиленимина (PEI):
https://biospecifika.ru/katalog/nabory/transfekciya-nukleinovyh-kislot-v-euk.-kletki-pri-pomoschi-pei/pei-1
На странице в конце описания есть следующее:
Pei Kib Breat был разносторонним исследователем, не исключено, что его работы сыграли свою роль в развитии этого метода.
Наверное, это такой юмор со стороны авторов сайта.
https://biospecifika.ru/katalog/nabory/transfekciya-nukleinovyh-kislot-v-euk.-kletki-pri-pomoschi-pei/pei-1
На странице в конце описания есть следующее:
Имеет ли отношение Pei Kib Breat к созданию метода трансфекции PEI?
Pei Kib Breat был разносторонним исследователем, не исключено, что его работы сыграли свою роль в развитии этого метода.
Наверное, это такой юмор со стороны авторов сайта.
04.02.202521:28
Среди ночи задумался о том, какие есть гетеротрофные организмы, способные, так сказать, к максимально автономному существованию - чтобы могли расти на самых простейших средах. Хотелось бы найти какую-нибудь скотину, которой для роста требуются источники азота и фосфора в форме неорганических солей, коктейль из микроэлементов, а чтобы в качестве источника углерода (ну и энергии) она бы жрала что-то совсем простое, вроде глицерина или метанола.
Я думал, что грибы на такое способны, но похоже, что скорее нет - N. crassa нужен биотин для роста. Это не очень интересно. Кто-нибудь знает таких тварей?
Цианобактерии могут расти на среде, состоящей только из минеральных солей (за исключением буферного компонента и хелаторов, чтобы все это в осадок не выпало), но это тоже не так интересно.
Я думал, что грибы на такое способны, но похоже, что скорее нет - N. crassa нужен биотин для роста. Это не очень интересно. Кто-нибудь знает таких тварей?
Цианобактерии могут расти на среде, состоящей только из минеральных солей (за исключением буферного компонента и хелаторов, чтобы все это в осадок не выпало), но это тоже не так интересно.
08.02.202519:37
Этот скриншот был опубликован в то ли в 2017, то ли 2018 году в канале «Три звезды», который какое-то время был открытым.
06.02.202522:49
Новости про вакцину от рака видел, спасибо Саше за разбор, потому что самому мне лень было читать:
https://t.me/carpet_T/435
В иммунологии я не разбираюсь, но вот глаз зацепился за следующее:
В связи с этим вспомнил любопытную историю про вирусы грибов, на которую я первоначально наткнулся в обзоре [1].
История такая. В 1950-х люди делали скрининг разных видов плесени Penicillium на предмет синтеза метаболитов, обладающих противовирусным действием. Обнаружили, что два вида Penicillium действительно выделяют некие вещества, защищающие мышей от заражения вирусом мышиного полиомиелита, а еще какого-то "swine influenza virus" и "Columbia SK encephalomyelitis virus", что бы это ни значило в те времена.
Из двух цитируемых в обзоре статей про эти скрининги я сумел найти текст всего лишь одной. Эксперименты там были примерно такие - мышам вкалывали культуральную жидкость, в которой росла плесень/экстракт растертой плесени/то, что высадилось из экстракта органическими растворителями, а потом заражали этих мышей вирусами. Обнаружилось, что мыши, которых обкололи плесенью, вроде как действительно меньше дохнут. Но авторы отмечают, что результаты были очень нестабильными, и иногда культура их плесени переставала производить субстанцию, защищающую мышей от инфекции*.
Позже обнаружили, что эта выделяемая плесенью субстанция стимулирует синтез интерферонов в культуре клеток, а еще чуть позже - что в веществе, проявляющем интерферониндуцирующую активность, содержатся вирусные частицы. В общем, в итоге выяснилось, что вещество, индуцирующее синтез интерферона - геномная двуцепочечная РНК этих самых грибных вирусов.
На сайте одной российской фармкомпании я нашел описание препарата под названием "Полудан". Состав препарата - смесь двух комплементарных полирибонуклеотидов (поли-А и поли-Т), в числе показаний - вирусные конъюктивиты, ну то есть предлагается прямо раствор дцРНК в глаза капать. Как к этому препарату относится т. н. "доказательная медицина", я не знаю (подозреваю, что плохо относится), но не удивлюсь, если эта штука таки работает.
1. Lemke, P. A., & Nash, C. H. (1974). Fungal viruses. Bacteriological Reviews, 38(1), 29–56. https://doi.org/10.1128/br.38.1.29-56.1974
#читаювсякоеговно
*видимо, вирус не очень стабильно в популяции держался - такое с вирусами часто бывает.
https://t.me/carpet_T/435
В иммунологии я не разбираюсь, но вот глаз зацепился за следующее:
4. В качестве адъюванта к вакцине дали иммуностимулятор — стабилизированную форму двуцепочечной нуклеиновой кислоты, одна цепь которой состоит только из инозинов, а другая только из цитозинов (poly(I:C)). Она активирует врожденный иммунитет через толл-подобный рецептор-3, поскольку "воспринимается" как вирусная.
В связи с этим вспомнил любопытную историю про вирусы грибов, на которую я первоначально наткнулся в обзоре [1].
История такая. В 1950-х люди делали скрининг разных видов плесени Penicillium на предмет синтеза метаболитов, обладающих противовирусным действием. Обнаружили, что два вида Penicillium действительно выделяют некие вещества, защищающие мышей от заражения вирусом мышиного полиомиелита, а еще какого-то "swine influenza virus" и "Columbia SK encephalomyelitis virus", что бы это ни значило в те времена.
Из двух цитируемых в обзоре статей про эти скрининги я сумел найти текст всего лишь одной. Эксперименты там были примерно такие - мышам вкалывали культуральную жидкость, в которой росла плесень/экстракт растертой плесени/то, что высадилось из экстракта органическими растворителями, а потом заражали этих мышей вирусами. Обнаружилось, что мыши, которых обкололи плесенью, вроде как действительно меньше дохнут. Но авторы отмечают, что результаты были очень нестабильными, и иногда культура их плесени переставала производить субстанцию, защищающую мышей от инфекции*.
Позже обнаружили, что эта выделяемая плесенью субстанция стимулирует синтез интерферонов в культуре клеток, а еще чуть позже - что в веществе, проявляющем интерферониндуцирующую активность, содержатся вирусные частицы. В общем, в итоге выяснилось, что вещество, индуцирующее синтез интерферона - геномная двуцепочечная РНК этих самых грибных вирусов.
На сайте одной российской фармкомпании я нашел описание препарата под названием "Полудан". Состав препарата - смесь двух комплементарных полирибонуклеотидов (поли-А и поли-Т), в числе показаний - вирусные конъюктивиты, ну то есть предлагается прямо раствор дцРНК в глаза капать. Как к этому препарату относится т. н. "доказательная медицина", я не знаю (подозреваю, что плохо относится), но не удивлюсь, если эта штука таки работает.
1. Lemke, P. A., & Nash, C. H. (1974). Fungal viruses. Bacteriological Reviews, 38(1), 29–56. https://doi.org/10.1128/br.38.1.29-56.1974
#читаювсякоеговно
*видимо, вирус не очень стабильно в популяции держался - такое с вирусами часто бывает.
31.01.202515:33
Инъекции даже небольших количеств дихлорметана в ткани тоже к интересным последствиям приводят:
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acscentsci.0c00100
#читаювсякоеговно
https://pubs.acs.org/doi/10.1021/acscentsci.0c00100
#читаювсякоеговно
07.02.202515:30
Здравствуйте, мы самые настоящие, но небольшие. Наборы для трансфекции у нас берут неплохо, ведь начало их разработки положил еще сам Pei Kib Breat
06.02.202516:49
Большое спасибо уважаемому армянину, что он сформулировал это.
06.09.202421:17
T-четные бактериофаги, а также бактериофаги T5 и T3-T7 изучены довольно хорошо (насколько это вообще возможно). Бактериофаг T1 изучен плохо, и вот одна из причин:
Действительно, засрать лабораторию фагами весьма легко.
https://doi.org/10.1016/B978-0-12-801238-3.02506-X
А предприимчивые люди продают штамм E. coli, устойчивый к T1:
https://www.thermofisher.com/order/catalog/product/12034013
#читаювсякоеговно
Phage T1 and related phages are less well studied than the T-even family, in part due to T1’s early reputation as a troublesome phage: T1 virion particles are notoriously durable and persistent, resistant to desiccation, and able to spread as aerosolized particles, resulting in its reputation as a contaminant. Stories of labs requiring periodic sterilization or hanging ultraviolet lamps abound, as does the (likely apocryphal) story of an early researcher recovering a sample of T1 from the letter sent by a colleague declining to send a sample.
Действительно, засрать лабораторию фагами весьма легко.
https://doi.org/10.1016/B978-0-12-801238-3.02506-X
А предприимчивые люди продают штамм E. coli, устойчивый к T1:
https://www.thermofisher.com/order/catalog/product/12034013
#читаювсякоеговно
07.02.202515:30
Эти ребята шутники, но в комментариях пишут, что тема ровная.
Кайра бөлүшүлгөн:
A Certain Scientific Impostor
04.02.202522:55
В конце 2024г. вышла важная публикация в области олигосинтеза.
В ней описан метод, которым обновили рекорд длины олига, который можно сделать фосфорамидитной химией - 1728 нуклеотидов. 0.041 nmol/g модифицированного стекловолокна, 0.016% выход. В финальном продукте процент ошибок - 0.0434%.
Еще в 2023 году считалось, что практический предел возможностей фосфорамидитной химии - синтез 200-меров, а 300 - уже теоретический предел. Для преодоления этого предела было предложено много подходов, в частности энзиматический синтез ДНК.
Суть нового метода - в хитром методе обогащения.
Классические методы очистки от побочных продуктов (обрывов цепи) заключаются в своего рода афинной очистке, на флуорофильных фазах с перфтор-замещенным тэгом или, чаще всего, в режиме DMT-ON на C18 картриджах твердофазной экстракции: последняя DMT-защита не снимается в конце синтеза, и таким образом получается, что целевой продукт полной длины оказывается более липофильным чем обрывы цепи. Следовательно, на обращённой фазе можно селективно обогатить сырой продукт с синтеза целевой последовательностью.
Но чем длиннее последовательность - тем менее эффективны афинные методы очистки.
Радикальное решение - способ обогащения через полимеризациюнамертво в полиакридамид, или, как его называют авторы,
Все побочники элюируются из сополимера, а потом тритил-содержащий линкер расцепляется в кислоте, высвобождая чистый целевой продукт.
Получить с синтезатора олиг длиной в довольно приличного размера ген - это реально game changer. Все таки подходы органической химии и фосфорамидитный синтез еще рановато списывать со счетов.
В ней описан метод, которым обновили рекорд длины олига, который можно сделать фосфорамидитной химией - 1728 нуклеотидов. 0.041 nmol/g модифицированного стекловолокна, 0.016% выход. В финальном продукте процент ошибок - 0.0434%.
Еще в 2023 году считалось, что практический предел возможностей фосфорамидитной химии - синтез 200-меров, а 300 - уже теоретический предел. Для преодоления этого предела было предложено много подходов, в частности энзиматический синтез ДНК.
Суть нового метода - в хитром методе обогащения.
Классические методы очистки от побочных продуктов (обрывов цепи) заключаются в своего рода афинной очистке, на флуорофильных фазах с перфтор-замещенным тэгом или, чаще всего, в режиме DMT-ON на C18 картриджах твердофазной экстракции: последняя DMT-защита не снимается в конце синтеза, и таким образом получается, что целевой продукт полной длины оказывается более липофильным чем обрывы цепи. Следовательно, на обращённой фазе можно селективно обогатить сырой продукт с синтеза целевой последовательностью.
Но чем длиннее последовательность - тем менее эффективны афинные методы очистки.
Радикальное решение - способ обогащения через полимеризацию
catching-by-polymerization (CBP) метод. Делается это посредством специальной тритильной защиты с фрагментом акриламида на длинном линкере. Все побочники элюируются из сополимера, а потом тритил-содержащий линкер расцепляется в кислоте, высвобождая чистый целевой продукт.
Получить с синтезатора олиг длиной в довольно приличного размера ген - это реально game changer. Все таки подходы органической химии и фосфорамидитный синтез еще рановато списывать со счетов.
Көрсөтүлдү 1 - 11 ичинде 11
Көбүрөөк функцияларды ачуу үчүн кириңиз.